中国科学院研究生院以各研究所为依托，实行院所结合的办学模式。中国科学院研究生院是中国科学院研究生招生和培养的管理部门和教学实体，负责全院研究生的招生、学籍、教学、学位等方面的管理并组织基础课教学；中国科学院各研究所（院、台、站、园、中心）是中国科学院的科研单位，同时也是中国科学院研究生招生和培养的基本单元，是中国科学院研究生院研究生教育网络的有机组成部分，负责本单位研究生招生、管理、培养、论文答辩具体环节的组织和实施。

　　就招生方面来说，中国科学院研究生院的招生实行统一管理、分级实施的模式。研究生院是招生管理部门，负责全院研究生招生的组织、管理和协调工作，包括全院招生规章制度、管理办法、招生简章的制定、全院招生计划的编制、进行全院性的招生宣传、组织京区考生的报名、考试工作、负责部分考试科目的统一命题，制定录取规定、负责全院的录取调剂等。各研究所是招生实施单位，负责本单位研究生招生的报名、录取等各环节的具体操作。因此，考生报考前既可向研究生院进行咨询，也可直接同各相关研究所（院、台、站、园、中心）联系。

　　分布在各地的教育基地是中国科学院研究生院教学和管理功能的延伸，负责组织和管理当地各研究所的研究生招生及在学研究生的基础课教学、学术交流和社会实践活动等，协调当地各研究所跨学科联合培养研究生，促进新兴学科、交叉学科的发展，促进教育资源的共享。