1998年，根据中国科学院党组关于结构性调整的战略部署和建设国家创新体系的战略决策，中国科学院资源环境领域结构性调整领导小组将新疆生土所、新疆地理所两所联合重组列为1998年度资源环境领域结构性调整的重要内容。

1998年4月12日至4月15日，中国科学院副院长陈宜瑜率院资源环境结构性调整领导小组及其办公室成员赴新疆，主持了新疆生土、地理两所联合重组会议，传达了院党组对两所联合重组的指导性意见，并宣布两所联合重组工作组成立。两所联合重组工作正式启动并进入实施阶段。

经过紧张工作，5月12日新疆分院党组审议通过联合重组方案并向院上报。6月17日，院资源环境结构性调整领导小组举行会议，批准新疆生土所、新疆地理所联合重组方案。6月19日，中国科学院发出《关于合并组建新疆生态与地理研究所的通知》。7月7日，新疆生态与地理研究所(简称新疆生地所)隆重成立。

至1998年底，新疆生地所职工总数为395人，其中科技人员306人，含研究员17人、副高级科技人员94人、中级科技人员141人。有在学研究生46人，其中博士生20人、硕士生26人，另有博士后3人。

新疆生地所成立后，迅速对研究所内部体制进行了调整。在管理系统上，将原两所7个职能处室归并为所办公室、党办人事处、科研计划处等3个处室，另设国际交流中心、后勤服务中心和公司管委会办公室，实现管理与服务职能的分离。在研究系统上，将两所13个研究室、3个技术室整合为绿洲生态系统、荒漠环境、水土资源与绿洲农业、生物资源、区域发展等5个研究室。在技术支撑系统上，将原两所的情报资料、刊物编辑合并为文献信息中心；将原有的7个野外台站中的阜康、策勒、吐鲁番、阿克苏等4个站纳入院野外站序列，将巴音布鲁克、天山、莫索湾等3站和塔中、新和、库尔勒、33团场、148团等5处列为所试验基点；根据地方经济建设需要和我所实际，建立或与地方共建诚信土地定级估价事务所、环境评价部、科考探险部、沙漠工程勘测设计事务所、旅游资源开发与规划研究中心、遥感与地理信息系统应用开发中心等。合并后的标本馆，在进行生物、地学标本的采集、储存和研究的同时，利用馆藏资源向社会公众开放，已被确定为以“干旱区资源与环境”为主题的国家科普教育基地试点，与乌鲁木齐市教委，科协共建“乌鲁木齐青少年科普教育基地”，并于1998年12月25日正式挂牌运行。通过上述调整，构架了研究所深化结构性改革和进行知识创新基地建设的总体框架。经中国科学院院长办公会议批准，新疆生地所已被批准为中国科学院基地型研究所。

新疆生地所确定的学科方向是：以荒漠环境研究为大背景，以绿洲生态过程和生态系统管理的研究为中心，促进资源开发和区域可持续发展；以绿洲生态学为主体，发展荒漠环境学和干旱资源学，促进研究所特色建设，在新疆社会、经济可持续发展中做出有显示度的工作。重点研究领域为：绿洲生态与绿洲农业、荒漠化防治与环境演变、干旱区资源开发与区域持续发展。努力实现下述发展目标：瞄准国际前沿，建成具有国际水准的干旱区绿洲生态研究中心和绿洲生态建设、荒漠环境治理、资源合理利用、区域持续发展的应用基础和应用示范的国家重要研究基地。