固定、半固定沙漠，相对稍多的降水，相对丰富的植被类型和植物种群，使准噶尔盆地沙漠比塔里木盆地沙漠更适合动物的栖息和生存，动物世界更加活跃。这里还因此建立了一个广达140万公顷面积的卡拉麦里有蹄类动物保护区。

有蹄类动物都是草食性动物，广阔的梭梭林及丰富的灌木、小灌木、半灌木、多年生和一年生草本植物，为有蹄类动物准备了充足的食粮。

梭梭林中最引人注目的有蹄类动物，包括赫赫有名的蒙古野马、蒙古野驴、赛加羚、鹅喉羚等。

蒙古野马是世界上惟一存在的野生马种，也仅分布于我国准噶尔盆地东部和蒙古国的西部。在准噶尔盆地还有“野马川”、“野马城”等地名。1878年，俄国军官普尔热瓦尔斯基在新疆发现了野马，在美洲野马、欧洲野马相继灭绝后，新的野马种的发现轰动了世界，这种野马也因此被命名为普尔热瓦尔斯基马，又称普氏野马。在普尔热瓦尔斯基之后，许多的探险队伍向准噶尔荒原蜂涌而来，目标只有一个，就是捕捉和带回普氏野马。被捕捉运走的野马驹就有52匹之多，捕捉期间打死的野马更不计其数。这52匹野马只有27匹幸运活了下来，成为动物园和马戏团的明星。一个世纪以来，这些野马的后代已繁殖到400匹以上。新中国建立后，开展了多次寻找野马的科学考察，但都无功而返，大量事实表明，蒙古野马已在原野中消失。为挽救野马种群，全世界都在进行不懈的努力，1986年，我国从欧洲引回11匹蒙古野马，在准噶尔盆地东缘的吉木萨尔县建立了野马繁殖中心，开始野马种群复壮、回归原野的试验。如今，野马种群已恢复至上百匹，2001年进行了第一次野放试验，但未能取得成功。在现代文明环境中，野马还能回归到原野吗？这是一个值得继续探索的重大课题。

人们寻找野马的心切，“指驴为马”的事也常常发生。新疆准噶尔的梭梭林，也是蒙古野驴的故乡。野驴在外形上与家驴相差较远，却与马相距较近，也难怪人们会常常误认它了。蒙古野驴在干旱荒漠中养就了粗犷的体形、粗壮的脚蹄，耳壳较小，奔跑疾速，时速可达60千米，除尾短细外，几乎与野马毫无二致。

赛加羚和鹅喉羚都属牛科，前者又叫高鼻羚，后者又叫黄羊。赛加羚雄羚的双角是名贵中药材，因过度捕猎避到俄罗斯、哈萨克斯坦等国境内，我国境内已经绝灭，目前又在引入繁殖。鹅喉羚的角虽不名贵，但其肉味鲜美在三年困难时期成为人们大规模捕猎对象，种群数量急剧减少，上百头的大种群已十分罕见。近年对动物的保护已经见效，在沙漠中与鹅喉羚的相遇已经不是难事，但它对人类依然的高度警觉，使我们对曾经发生的事件想对它深深说一声：对不起。

梭梭林中的兽类还有食肉目的狼、沙狐、赤狐、草原斑猫、兔狲，兔形目中的草兔、各种鼠类。鸟类种类较多。爬行类则以蜥蜴种类较多，蛇类中的蝮蛇和草原蝰等毒蛇需注意防护，一些常见的游蛇、白条锦蛇则无毒性。

梭梭林中四大有蹄类动物都进入国家一级保护动物行列，其中的蒙古野马已在世界范围的野生环境中绝迹，赛加羚羊也在我国境内绝灭，蒙古野驴、鹅喉羚的种群数量也急剧下降，它们的消失和走向消失，将使梭梭林沦入一个更加沉寂的世界，我们深深不希望这一天的到来，这需要我们付出十分艰巨的努力。